Nhà Mạc vẫn theo pháp độ cũ của nhà Lê từ hệ tư tưởng đến mô hình thiết chế nhà nước, lấy Tống nho làm tư tưởng cai trị chính,[25] tuy nhiên không hạn chế các tôn giáo khác như đạo Phật, đạo Giáo như nhà Lê Sơ. Các quan lại và người trong hoàng tộc nhà Mạc đã cúng tiến nhiều đất cho nhà chùa và xây cất, tu bổ nhiều chùa.

Việc truyền đạo Thiên chúa vào Đại Việt bắt đầu được xúc tiến từ năm 1533 thời Mạc Hiến Tông nhưng chưa thu được kết quả. Năm 1581 thời Mạc Mậu Hợp, các nhà truyền giáo lại đến, nhưng vì ngôn ngữ bất đồng nên cuối cùng giáo đoàn phải trở về Ma Cao.[26]